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Lo de Magneto tiene fácil explicación, el suero no era perfecto y Magneto acaba recuperando sus poderes, de echo al final de la 3 ya se empieza a ver que ocurre al mover ligeramente una pieza de ajedres. Además en la tercera Picara también tomo el suero y saldrá en la siguiente peli de X-Men, por lo que ella también recupera su poder.

Lo de Xavier es más bizarro, se dice que el cuerpo que posee es el de su hermano gemelo. Tendremos que esperar a ver por donde salen.

en la cronologia toda la historia sigue hacia adelante, asi que lo que pasara que hasta que no llege Dias del futuro pasado lo unico que vamos a hacer es crear y aumentar dudas.

Algo que me parece raro es que EL PROFESOR X murio en x men 3 , y en la escena post-credistos vive en el cuerpo de otra persona, ¿como es entonces qu aparece patrit steward? Y magneto perdió sus poderes ¿como es que puede mover objetos?
PUEDE SER QUE VENGAN DEL FUTURO
¿que creeis?

Hace poco, se supo que Hugh Jackman rodó unas pocas escenas extra para "The Wolverine", probablemente incluían la escena post-credits que conectará la película con "X-Men: Days of Future Past".
En peliblog tienen un informe que no solo les confirma la existencia sino que se la describe.
SPOLIER:En la escena: Wolverine (Jackman) camina por un aeropuerto dos años más tarde de los acontecimientos de "The Wolverine", cuando todos los detectores de metal se descontrolan, con clips y otros objetos volando por todas partes. Se da la vuelta y se encuentra con Magneto (Ian McKellan) allí de pie. Magneto le avisa de un enemigo que quiere destruir a los mutantes con la construcción de máquinas (Sentinels) y le pide a Wolverine que se una a él para defender a los de su clase. Wolverine dice que "no" y le pregunta por qué iba a hacerlo, cuando todos los policías de paisano que los rodean se paralizan y el Professor X (Patrick Stewart) entra en el marco y dice algo convincente.

FUENTE:http://www.peliblog.com/2013/07/19/revelada-la-escena-post-credits-de-the-wolverine/